MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 chromosome

Total Repeats: 13511

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003197	AT	3	6	55	60	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003197	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_003197	AGAC	2	8	153	160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_003197	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_003197	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003197	T	8	8	303	310	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003197	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_003197	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003197	A	7	7	5924	5930	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003197	CGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_003197	TTG	2	6	7408	7413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003197	ATG	2	6	7453	7458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003197	GGT	2	6	7506	7511	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003197	CGT	2	6	7599	7604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_003197	ATC	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_003197	CTGT	2	8	8666	8673	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_003197	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_003197	AAT	2	6	8722	8727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003197	TAG	2	6	9334	9339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003197	TCC	2	6	9346	9351	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_003197	GGA	2	6	9359	9364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003197	ATC	2	6	9954	9959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_003197	ATA	2	6	10017	10022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003197	TAA	2	6	10051	10056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003197	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003197	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_003197	TTA	2	6	11332	11337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003197	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003197	TCTG	2	8	11389	11396	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_003197	A	6	6	11423	11428	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003197	T	6	6	11429	11434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003197	TGA	2	6	11446	11451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003197	GTG	2	6	11486	11491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003197	A	8	8	11498	11505	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003197	TTA	2	6	11540	11545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003197	ATG	2	6	11561	11566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003197	TTC	2	6	14753	14758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_003197	T	6	6	14780	14785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003197	TTG	2	6	14834	14839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003197	CAG	2	6	14877	14882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_003197	A	7	7	14904	14910	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003197	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003197	T	6	6	14937	14942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003197	TAT	2	6	14970	14975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003197	T	7	7	14985	14991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003197	ATG	2	6	16001	16006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003197	CCT	2	6	16022	16027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_003197	ATT	2	6	16055	16060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003197	T	6	6	16478	16483	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003197	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003197	ATT	2	6	17612	17617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003197	GTT	2	6	17704	17709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003197	GTT	2	6	17728	17733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003197	ATC	2	6	17757	17762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_003197	GAT	2	6	17769	17774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003197	T	6	6	17791	17796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003197	CCA	2	6	20031	20036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_003197	TTA	2	6	23166	23171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003197	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_003197	TTAT	2	8	23265	23272	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003197	AT	3	6	24056	24061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003197	GTT	2	6	24116	24121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003197	ACA	2	6	24195	24200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_003197	GAT	2	6	24232	24237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003197	TAA	2	6	24259	24264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003197	TAA	2	6	24266	24271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003197	ACG	2	6	24306	24311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_003197	AAG	2	6	24353	24358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003197	T	7	7	24363	24369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003197	GAA	2	6	24399	24404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003197	CAG	2	6	24409	24414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_003197	A	6	6	24425	24430	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003197	T	7	7	25025	25031	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003197	CG	3	6	25064	25069	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_003197	GT	3	6	33041	33046	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003197	ATA	2	6	33134	33139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003197	T	6	6	33146	33151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003197	T	6	6	33154	33159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003197	T	6	6	33186	33191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003197	CAT	2	6	33201	33206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_003197	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003197	TAA	2	6	33255	33260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003197	GTG	2	6	33300	33305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003197	ATG	2	6	33327	33332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003197	CCAG	2	8	33346	33353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_003197	ATA	3	9	34849	34857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003197	T	6	6	34903	34908	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003197	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_003197	ATG	2	6	34937	34942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003197	T	6	6	34944	34949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003197	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003197	TAG	2	6	34995	35000	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003197	TGAT	2	8	35032	35039	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003197	TTG	2	6	35043	35048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003197	AAT	2	6	35055	35060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003197	A	6	6	35093	35098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003197	TAG	2	6	35152	35157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003197	TTTTA	2	10	35223	35232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003197	ATT	2	6	35234	35239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003197	TTG	2	6	35253	35258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003197	TGT	2	6	35292	35297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003197	TCA	2	6	38754	38759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_003197	ATTA	2	8	38765	38772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003197	TGT	2	6	39567	39572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003197	AAG	2	6	39576	39581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003197	TGT	2	6	39672	39677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003197	TTA	2	6	39678	39683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003197	TGT	2	6	39717	39722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003197	AAT	2	6	39768	39773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003197	AT	3	6	39831	39836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003197	T	7	7	39904	39910	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003197	AT	3	6	39946	39951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003197	AAT	2	6	39980	39985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003197	GAA	2	6	40011	40016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003197	AT	5	10	40033	40042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003197	AATT	2	8	40048	40055	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003197	AT	3	6	40089	40094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003197	AAT	2	6	41628	41633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003197	A	6	6	41637	41642	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003197	GTA	2	6	42916	42921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003197	TAAAA	2	10	44191	44200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003197	TGA	2	6	44205	44210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003197	GTT	2	6	44214	44219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003197	ATC	2	6	46034	46039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_003197	TGAC	2	8	46042	46049	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_003197	A	6	6	46056	46061	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003197	A	6	6	46090	46095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003197	TCA	2	6	46104	46109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_003197	TA	3	6	46110	46115	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003197	TAG	2	6	46150	46155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003197	GAA	2	6	46160	46165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003197	GA	3	6	46177	46182	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003197	GA	3	6	47411	47416	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003197	TACC	2	8	48321	48328	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_003197	AAC	2	6	51862	51867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_003197	ATT	2	6	51894	51899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003197	AGTA	2	8	51937	51944	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003197	AGT	2	6	51959	51964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003197	ATCA	2	8	51977	51984	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_003197	ATT	2	6	51985	51990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003197	TTA	2	6	52013	52018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003197	GGT	2	6	52051	52056	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003197	T	6	6	52062	52067	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003197	GAAA	2	8	52097	52104	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003197	AGGG	2	8	52130	52137	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003197	A	6	6	52145	52150	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003197	A	7	7	52227	52233	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003197	CTT	2	6	52607	52612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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294	NC_003197	TAATT	2	10	116724	116733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_003197	ATTTT	2	10	116750	116759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_003197	AG	3	6	121340	121345	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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432	NC_003197	TAA	2	6	189382	189387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_003197	TAC	2	6	189418	189423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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435	NC_003197	T	7	7	189522	189528	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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438	NC_003197	T	6	6	190082	190087	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_003197	TTA	2	6	190093	190098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
440	NC_003197	TTGA	2	8	190140	190147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
441	NC_003197	CAA	2	6	190176	190181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
442	NC_003197	GTG	2	6	194193	194198	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_003197	TATTG	2	10	196426	196435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
451	NC_003197	GCC	2	6	198176	198181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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453	NC_003197	TG	3	6	200670	200675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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465	NC_003197	GAA	2	6	209044	209049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
466	NC_003197	AT	4	8	209083	209090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
467	NC_003197	ATT	2	6	209098	209103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_003197	A	7	7	209242	209248	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_003197	CAT	2	6	209257	209262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
476	NC_003197	GGA	2	6	209281	209286	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
477	NC_003197	GAC	2	6	209745	209750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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479	NC_003197	CTT	2	6	211414	211419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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492	NC_003197	TCT	3	9	220854	220862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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